Un sous-marin lance-missiles russe disparaît sans laisser de trace lors d'une mission secrète dans la mer du Groenland. Un équipage sous le commandement de Viktor Voronine, dont le frère aîné Alexandre Voronine commandait le sous-marin disparu, est envoyé à sa recherche.
Les marins sont confrontés à la tâche de retrouver le sous-marin par tous les moyens nécessaires et d'empêcher la nouvelle arme top secrète de tomber entre les mains de l'ennemi. Au même moment, grâce à des recherches géologiques menées dans une station polaire des eaux du nord, le Kraken se réveille : un monstre géant légendaire capable de fusionner avec l'obscurité sous-marine, possédant une intelligence de nature inconnue. C'est précisément avec lui que les marins à la recherche du sous-marin disparu devront se retrouver.
