Evgueni Lounguine est né à Moscou en 1960. Il est le frère de Pavel Lounguine, également réalisateur. Ils ont tous les deux fils d’un scénariste connu Semion Lounguine (il a participé notamment aux scénarios de Soyez les bienvenus de Elem Klimov, Il était un merle chanteur de Otar Iosséliani, de Agonie de Elem Klimov).
Evgueni Lounguine obtient en 1983 le diplôme de l’Institut national de théâtre (GITIS). Son premier film Des anges au paradis réalisé en 1993, ne sort en France qu’en 1999 où il remporte le Grand Prix du festival de Honfleur. Il vit quelques années en France, pendant lesquelles il réalise des documentaires sur la Russie (Clandestoïka, Lettres de loin). Il a écrit Voyage en alphabet (bibliothèque de la famille) « un voyage franco-russe pour apprendre à lire et écrire ». Depuis 2000 il est membre de l’Union des cinéastes de Russie.