Ilia Khotinenko est né en 1972 à Sverdlovsk (aujourd'hui Ekaterinbourg).
En 1994 il entre au VGIK (Institut national de la cinématographie) dans la faculté de formation des réalisateurs sous la direction de Alexeï Gabrilovitch. Après la mort du maître, Ilia Khotinenko continue ses études sous la direction de son père le réalisateur Vladimir Khotinenko . En 1999 il tourne son premier long métrage Les Nouvelles et en 2000 Le Visage de la nationalité française. Ses films ont été primés dans plusieurs festivals.